Khoa Cơ bản được thành lập theo Quyết định số 1642/QĐ-ĐHGTVT do Hiệu trưởng Trường Đại học Giao thông Vận tải ký ngày ngày 15/08/2016 trên cơ sở Bộ môn Cơ bản. Bộ môn Cơ bản (trước đó là Liên Bộ môn cơ bản) được thành lập cùng thời gian thành lập Trường Đại học Giao thông Vận tải Cơ sở II (nay là Phân hiệu trường đại học Giao thông vận tải tại Thành phố Hồ Chí Minh). Ban đầu gồm các thầy cô từ Hà Nội vào giảng dạy kết hợp với các Giảng viên Cơ hữu tại Phân hiệu, giảng dạy các môn thuộc Bộ môn Khoa học cơ bản như: Bộ môn Lý luận chính trị và Bộ môn Giáo dục thể chất. Khoa Cơ bản hiện nay gồm các Bộ môn môn: Toán (Giải tích, Đại số và Xác suất thống kê), Vật lý và Hóa học, Ngoại ngữ, Lý luận chính trị (Những nguyên lý cơ bản của chủ nghĩa Mác – Lê nin, Tư tưởng Hồ Chí Minh, Đường lối cách mạng của Đảng Cộng sản Việt Nam) trước năm 2020,từ năm 2020 đến nay là những môn: Triết học Mác - Lênin, Kinh tế chính trị Mác - Lênin, CNXHKH, Lịch sử Đảng cộng sản Việt Nam, Tư tưởng Hồ Chí Minh và môn các nôn học thuộc Bộ môn Giáo dục thể chất. Ngoài ra, Khoa còn được mời giảng dạy các môn: Di tích văn hóa, Lịch sử Việt Nam, Lịch sử văn minh thế giới dành cho ngành QTDL&LH.
Các giảng viên của Khoa Cơ bản được đào tạo chuyên sâu ở trong nước và ngoài nước với nhiều kinh nghiệm trong giảng dạy, nghiên cứu khoa học. Khoa với 22 giảng viên, trong đó có 01 PGS, 02 Tiến sỹ, 03 giảng viên chính, 04 NCS, 16 thạc sỹ.